We wrześniu 1939 roku po wybuchu wojny Rejewski wraz ze współpracownikami z Biura Szyfrów został ewakuowany z Polski do Rumunii. Wraz z Zygalskim i Różyckim uniknęli internowania w obozie dla uchodźców przedostając się do Bukaresztu, gdzie nawiązali kontakt z ambasadą Wielkiej Brytanii. Brytyjczycy odmówili udzielenia pomocy polskim kryptologom, dlatego kolejnym ich krokiem była ambasada Francji, gdzie przedstawili się jako przyjaciele Bolka (kryptonim Gustave’a Bertranda). Po otrzymaniu instrukcji z Paryża personel ambasady dopomógł w natychmiastowej ewakuacji matematyków do Francji, gdzie przybyli pod koniec września. W październiku polscy kryptolodzy pracowali w 15 – osobowej ekipie “Z” w willi “Vignolles” koło Gretz-Armainvilliers. Była to placówka francuskiego wywiadu o kryptonimie „P.C. (Poste de Commandet) Bruno”.
Henryk Zygalski, Jerzy Różycki, Marian Rejewski podczas spaceru w parku ośrodka „Bruno”.
Podczas pobytu w ośrodku kryptolodzy odszyfrowywali depesze niemieckie w oparciu o zachowanie trzech egzemplarzy polskiej Enigmy. Na początku 1940 roku Rejewski opracował tajny skrypt do szkolenia personelu „Bruno” pt. „Metodyka rozwiązywania szyfrów” . W maju Niemcy zaatakowali Francuzów, przez co przeniesiono część personelu “Bruno” do Paryża. Ponadto zmieniono sposób szyfrowania w Enigmie. Złamanie utrudnionego kodowania zajęło polskim matematykom zaledwie 10 dni. Miesiąc później ewakuowano wszystkich pracowników ośrodka na południe Francji. Pod koniec września Rejewskiemu udało się dotrzeć do w Château les Fouzes, koło Uzès, gdzie znajdował się ośrodek „Cadix”. Dostał się tam posługując się fałszywymi dokumentami jako Pierre Ranaud, profesor matematyki liceum w Nantes.
Intensywny dekryptaż w ośrodku Cadix trwał od początku października 1940 roku do listopada 1942 roku. W tamtym czasie kryptologom udało się złamać szwajcarską Enigmę. Ponadto na polecenie płk. Bertranda, Rejewski z Zygalskim napisali obszerne opracowanie, tzw. Dokument „L” pt. „Enigma 1930–1940. Metoda i historia rozwiązania niemieckiego szyfru maszynowego (w zarysie)”. Pod koniec ich pracy Rejewski i Zygalski złamali, otrzymany od kierownictwa polskiej ekipy – tytułem sprawdzenia – szyfr maszyny Lacida, używany do łączności z Londynem. 6 listopada 1940 roku zlikwidowano ośrodek „Cadix”.