Studia architektoniczne Michał Czartoryski rozpoczął w 1917 roku na Politechnice Lwowskiej. Był on jedyną osobą w rodzinie, którą pasjonowały studia inżynierskie, przerywając tym samym „humanistyczną tradycję”. Było to spowodowane prawdopodobnie tym, że już od najmłodszych lat ciekawiło go wszystko, co związane było z technicznymi konstrukcjami. Wiedzę zdobytą na studiach mógł z powodzeniem wykorzystać w późniejszym życiu zakonnym. Jednym z najważniejszych zadań ojca Michała było kierowanie budową klasztoru w Służewie w Warszawie, czy projekty architektoniczne dla sióstr wizytek. Podczas II wojny światowej dało o sobie znać wyczulenie Michała na sztukę oraz pasje konserwatorskie. Głównie przyczyniły się do tego dwa domy; Pełkinie Czartoryskich i pałac Dzieduszyckich we Lwowie. Jan dorastał otoczony pięknymi przedmiotami, takimi jak obrazy, czy rzeźby najlepszych artystów z całej Europy, a nawet świata. Również fakt, że od najmłodszych lat obcował z historią sztuki pokazuje, ze sztuka nie była mu obca. Studia Czartoryskiego trwały z przerwami do 1926 roku. W trakcie studiów stanął do walki o niepodległość. Walka o Lwów, czy kampania 1920 roku przyczyniły się do ogromnych i trudnych do nadrobienia zaległości. Intensywne życie akademickie, „Bratnia Pomoc”, czy „Związek rekolekcyjny” nie pomagały w ich odrobieniu. Michał jak sam przyznawał nie był skory do nauki, a zajęcia z teorii, czy uważne słuchanie na wykładach szło mu zdecydowania gorzej, niż zajęcia praktyczne. Dodatkowo z listów, które pisał do ks. Korniłowiczowa widać, że usilnie szukał pomocy w Opatrzności.

         W archiwum Michała zachowało się blisko sto rysunkowych projektów, o tematyce sakralnej. Głównie kościoły, katedry, czy różne przedmioty liturgiczne, takie jak kielichy, czy chorągwie kościelne. Profil młodego studenta został uwieczniony na freskach w katedrze ormiańskiej we Lwowie przez Jana Henryka Rosena. W 1925 roku Józef Teodorowicz zlecił artyście wykonanie malowideł zachwycony jego obrazami inspirowanymi Złotą Legendą. Do Fresków Rosena pozowali członkowie Odrodzenia, w tym trzej bracia Czartoryscy. Jan został przestawiony tam jako jeden z mnichów, który kroczył w mistycznym skupieniu. Reprodukcja „Pogrzebu św. Odilona” wisiała w pokoju Jadwigi Czartoryskiej.

       Oprócz obowiązków związanych z wychowywaniem braci Michał Czartoryski pełnił w zakonie również funkcję architekta i konserwatora dzieł sztuki. 

W 1936 roku o. Michał został mianowany dyrektorem Trzeciego Zakonu w Warszawie. A tym samym miał za zadanie kierowanie budową klasztoru w Służewie. Wraz z o. Jackiem Woronieckim wybierał projekty architektoniczne, czuwał nad funduszami, zajmował się rozliczeniami i pracą administracyjną. Sam projektował również niektóre elementy wnętrza, m.in. zwieńczenie kopuł w kaplicy, czy herb dominikański. Dodatkowo negocjowaniem dostarczenia krucyfiksu, który miał stanąć na głównym ołtarzu autorstwa Zofii Trzecińskiej-Kamińskiej, który trafił do kościoła w 1938 roku. Do dnia dzisiejszego krucyfiks znajduje się w centralnej części spowiednicy. Lata1939-1944 Jan spędził w konwencie Świętej Trójcy w Krakowie. Był to najstarszy klasztor dominikański, miejsce pochówku św. Jacka Odrowąża, a także materialne serce prowincji polskiej. Przez stulecia w klasztorze zgromadziło się wiele cennych dzieł sztuki, czy archiwaliów i ksiąg. W 1850 roku pożar Krakowa zniszczył jednak bazylikę i część zbiorów, jednak to, co ocalało miało ogromną wartość historyczną i artystyczną. Michał Czartoryski, dzięki swoim możliwościom i umiejętnościom próbował doprowadzić je do ładu i porządku. Również w Krakowie zaczął pełnić nieformalną funkcję konserwatora zabytków. Zajmował się stanem technicznym budynków, kaplic i klasztoru. Opisywał on uszkodzenia i sugerował prace remontowe. 

        Jednym z pierwszych zadań, którego się podjął było uregulowanie problemów technicznych w klasztorze, takich jak brak zabezpieczeń pożarowych, czy problemy z umiejscowieniem studni z wodą. W 1941 roku Jan zorganizował klasztorną straż pożarną, a na strychu kazał porozstawiać beczki z wodą i piaskiem.
Podczas sprawdzania zakamarków w całym klasztorze natrafiał na przedmioty i obrazy, które przez lata leżały w zapomnieniu. Tym sposobem w 1942 roku znalazł na strychu obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem. Postanowił wiec go odnowić, a konserwację zlecił prof. Rudolfowi Kozłowskiemu, specjaliście w tej dziedzinie. Po zakończonej renowacji obraz umieszczano w chórze klasztornym, gdzie znajduje się do dzisiaj.
        W 1943 postanowiono odnowić refektarz krakowskiego klasztoru, co o. Michał uznał za idealny moment na wprowadzenie poprawek oraz odsłonięcie zabytkowych elementów. Pomimo braku chęci udzielenia pomocy przez ojca przeora, Michał w ostateczności przeprowadził remont całego klasztoru. Odsłonił on m.in. zabytkowe sklepienia z czasów gotyckich oraz romańskie części ścian. Kazał naprawić kamienny portal, czy odnowić fresk ze sceną Ukrzyżowania. W tym samym roku wraz z pomocą prof. Jerzego Szablowskiego Czartoryski sporządził także „Inwentarze skarbca OO. Dominikanów w Krakowie”.
     Przykładem architektonicznej pasji Michała w kwestii aranżacji wnętrz był projekt remontu chóru zimowego w krakowskim klasztorze. Nie został on przyjęty w ostateczności do realizacji, jednak same plany były bardzo ambitne. Miał on w planach m.in. stworzenie odpowiedniej oprawy dla obrazu matki Bożej, który swoją drogą wcześniej znalazł na jednym ze strychu, czy zastosowanie nowoczesnych linii. Dodatkowo wpadł na pomysł skuteczniejszego ocieplenia chóru w zimie poprzez zastosowanie odpowiedniego pieca.
         Wśród pamiątek po o. Michale zachował się wyrzeźbiony krzyż w alabastrze z Żurawna. Był to prezent dla chrzestnej córki; Elżbiety Czartoryskiej-Przewłockiej z okazji I komunii świętej. Natomiast w krużgankach krakowskich do dzisiaj stoi prosty konfesjonał zaprojektowany przez Michała, który dzięki zastosowaniu odpowiedniej izolacji akustycznej ma na celu niwelowanie niedochowania tajemnicy spowiedzi.