Ojciec Michał Czartoryski, a tak właściwie Jan Franciszek Czartoryski wywodził się z rodu Czartoryskich herbu Pogoń Litewska. Byli oni starą książęcą rodziną, która wywodziła się od wielkiego księcia litewskiego Giedymina, dziada króla Władysława Jagiełły. Zaś swoje nazwisko wzięli od dóbr Czartorysk na Wołyniu. Okres największego znaczenia Czartoryskich przypadł na XVIII wiek. Mały Jaś pierwszy okres życia spędził pod czujnym okiem matki. Gdy nieco się usamodzielnił, zamieszkał wraz z młodszym bratem Romanem i boną w osobnym pokoju. Powoli uczył się kolejnych zasad obowiązujących w domu. Kiedy okres nieustannej zabawy dobiegł końca, przyszedł czas na obowiązki i lekcje. Choć trudno dzisiaj określić ojca Michała w tamtym czasie, to pewne historie rodzinne pozwalają domniemywać, że nie zawsze był ideałem i potrafił pokazać, że ma temperament. Zachowały się opowiadania o tym, jak to kaszka podana choremu Jasiowi do łóżka niespecjalnie przypadła mu do gustu w skutek czego wylądowała na kocu i ścianach. Inna Historia opisuje żart, jaki bracia Czartoryscy, zrobili jednemu z nauczycieli. Przybili gwoździami do podłogi jego kalosze. Nieszczęśnik wsadził kalosze nieświadomy dowcipu, usiłował ruszyć i… można się domyślić, jak to się skończyło. Gdy Jaś skończył trzynaście lat, rodzice postanowili wysłać go razem z młodszym o rok bratem Romanem do szkoły z internatem. Zostali umieszczeni w Polskim Ognisku Wychowawczym Wiejskim w Starej Wsi koło Mińska Mazowieckiego. Była to placówka, którą ich ojciec pomógł w 1907 roku uruchomić księżom Janowi Gralewskiemu i Kazimierzowi Lutosławskiemu. Witold Czartoryski interesował się wychowaniem młodzieży. W zamyśle była to elitarna szkoła, z wysokim czesnym. W lipcu 1910 roku Zarząd Ogniska poinformował Witoldów Czartoryskich, że ich synowie zostali przyjęci do szkoły i poprosił o wpłacenie dwóch rat kwartalnych (1000 rubli srebrem oraz 140 rubli na wyprawkę szkolną). W Ognisku nie było typowych klas, tylko grupy oznaczone literami. Czartoryscy znaleźli się w grupie D. Każdy z uczniów miał przyporządkowany numer: Jaś - 5, a Roman – 9. Rodzice byli zobligowani wypełnić szczegółową ankietę na temat swoich dzieci. Jadwiga Czartoryska pisała o Jasiu, co następuje:

Wykarmiony przez matkę; mówił od razu normalnie-poprawnie; w końcu 3-go roku życia przeszedł bardzo ciężką szkarlatynę, z różą na głowie i zapaleniem płuc, bębenki w obu uszach przedziurawione, źle słyszy; szczepiony, po raz ostatni w 1909; waga 41 kg; zwinny, jeździ na koniu i bicyklu, codziennie gimnastyka systemem Müllera; nieskłonny do przeziębień; stan trawienia dobry; jada 4 do 5 razy dziennie, do 8 roku życia mięso raz na dzień, potem 2 razy, na śniadanie lub podwieczorek mleko (bez kawy lub herbaty); apetyt nierówny, o mięso nie dba; idzie spać o 9-tej, wstaje o 6:30; w 10 roku życia próbował kłamstwa i wykrętów, za co był ukarany cieleśnie przez ojca, ten błąd został wykorzeniony łagodnie celowym postępowaniem, dziś jest wolny od tej wady, za mniejsze przewinienia stał za drzwiami lub jadał obiad osobno; jest żywy, wesoły, lubi figle, czynny i pracowity fizycznie, umysłowo leniwy, skłonny do krytyki i uporu, szybki w orientacji i decyzji; wpajano mu proste i głębokie zrozumienie prawd Bożych i starano się o ich stosowanie w życiu codziennym, religii zawsze uczyła matka; w domu uczyli go Hanna Kossobudzka i Bronisław Jaworski, przeszli prywatnie 2 klasy szkoły realnej austriackiej po polsku, jednak nie wyczerpali materiału z historii, geografii i niemieckiego, z którego stoi bardzo słabo; ma słuch muzykalny, gra na fortepianie; interesuje się mechaniką, lubi zajęcia praktyczne; uprawiał trochę stolarstwa i pracował w ogrodzie; Jan mówi, że będzie inżynierem.

Wyjazd do Starej Wsi był dla chłopców prawdziwą próbą. Po raz pierwszy mieli zostać sami, na długo i radzić sobie w nowym otoczeniu. Na początku chłopcy nie mogli oswoić się z nowym otoczeniem. Stopniowo, jednak, uczucie osamotnienia i buntu ustąpiło, a rytm szkolnego życia wciągał chłopców coraz bardziej. Młodzi często pisywali listy do rodziców, informując na bieżąco o wydarzeniach i ciekawostkach. Prosili też o zgodę, gdy należało wydać większą kwotę z kieszonkowego, które otrzymywali. Taki system uczył gospodarności i pozwalał lepiej zrozumieć wartość pieniądza. Jaś bardzo szybko zyskał uznanie w oczach personelu i kolegów. Jarosław Doliński, jeden z jego opiekunów, nie bez dumy informował Witoldów o osiągnięciach syna:

Janek bardzo prędko wyróżnił się w grupie swoim czystym, jednolicie prawdziwym charakterem. Jego rozwaga, spokój, subtelne poczucie sprawiedliwości, koleżeństwo, zrobiły go moralnym przodownikiem grupy. Wybierany był na sędziego w koleżeńskich sprawach, a głos jego szanowany jest niemal na równi z głosem nauczyciela. Podkreślić jeszcze muszę jego społeczne instynkty, które rzadko u chłopców w tym wieku ujawniają się w formie konkretnej. W towarzystwie opieki nad zaniedbanymi dziećmi należał do członków rzetelnie pracujących. Zdaje mi się także, że cel i znaczenie naszej szkoły rozumie głębiej. Wrażenie to wyniosłem nie z rozmów w tej sprawie, ale że martwiło go wszystko to, co jest niezgodne z zasadami. Na różne niedokładności, czy to w zachowaniu przepisów szkolnych, nakazów, czy to w urządzeniu życia szkolnego chciałby znaleźć radę […]. Mimo złego słuchu należy do lepszych, a może i pierwszych uczniów w grupie. Pojmuje bez wysiłku, myśli porządnie, logicznie, a przy tym uważa bardzo pilnie i lekcje lubi […]. Prosiłbym, aby chłopcy starali się energiczniej rozbierać i ubierać, poza tym żadnych wskazań nie potrzebują i zwyczaje szkolne nie są dla nich nowością.

Pobyt Jasia i Romana w Ognisku zakończył się w roku 1914. Pod koniec czerwca, na uroczystość zakończenia roku szkolnego, przyjechał do Starej Wsi Witold Czartoryski. Stamtąd zabrał braci do Bojar na Grodzieńszczyźnie, majątku Krasińskich, który miał stać się domem najstarszej z rodzeństwa – Marii i jej męża Michała hr. Krasińskiego. Czartoryscy byli pierwszymi gośćmi w nowej siedzibie. Z Bojar Jaś powrócił do Pełkiń na wakacje, jak się okazało, ostatecznie przed wielką wojną. W Chwili, gdy razem z bratem odbierał szkolne świadectwo, z Sarajewa napływały wiadomości o zamachu na arcyksięcia Franciszka Ferdynanda. Miesiąc później Austro-Węgry wypowiedziały wojnę Serbii, do której na zasadzie domina przystąpiły kolejne kraje. Wypadki potoczyły się błyskawicznie. W dniu 18 sierpnia armia rosyjska ruszyła na Zachód. Zaczęła się ewakuacja ludności. Czartoryscy bali się pozostać w Pełkiniach w momencie przechodzenia frontu. Rodzina wyjechała do Krakowa. Spokój nie trwał długo. Miasto należało ewakuować. Rodzina ruszyła dalej, tym razem do Wiednia. Tam Czartoryscy spotkali Adama hr. Stadnickiego, który zaproponował im gościnę w zamku we Frainie, położonym o jakieś sto kilometrów od Wiednia, na Morawach. Czartoryscy spędzili u Stadnickich osiem miesięcy. Starsi synowie służyli na froncie, z którego przyjeżdżali na urlopy, młodsi uczyli się i polowali w tamtejszych lasach. Po latach te dwie zaprzyjaźnione rodziny połączył także mariaż. Adam Czartoryski (młodszy brat Jasia) poślubił w 1937 roku córkę Stadnickich, Jadwigę. Osiemnastoletni Jan został powołany do wojska, jednocześnie uczył się do matury w tzw. trybie wojennym. Egzamin dojrzałości zdał 10 stycznia 1916 roku w Cesarsko-Królewskiej II Wyższej Szkole Realnej w Krakowie. Egzamin zdawał po raz pierwszy, a na jego podstawie uznano go za jednomyślnie dojrzałym do studiów w Szkole Politechnicznej.