Urodził się 30 grudnia 1888 r. w Krakowie. Był synem Jana i Wincentyny z Maszczyńskich. Gdy ojciec odziedziczył majątek po swoim bracie, przeniósł się wraz z rodziną do miejscowości Czernichowce pod Zbarażem, w której Kwiatkowski spędził dzieciństwo wraz z rodzeństwem: Romanem, Janiną i Zofią. W początkowych latach swojej nauki nie szło mu za dobrze, z przedmiotów takich jak polski, język łaciński, niemiecki, geografia i matematyka otrzymywał oceny zaledwie dostateczne. Świętem dla niego był wyjazd z ojcem do pobliskiego Tarnopola, gdzie funkcjonowały teatry amatorskie, kółka rolnicze, Towarzystwo Szkoły Ludowej, a także wycieczki do Zbaraża z ruinami starego zamku i klasztorem Bernardynów sprzyjał patriotycznemu wychowaniu dzieci, które chłonęły "Ogniem i mieczem". Skrzetuski, Podbipięta - to byli bohaterowie dziecinnych lat młodego Eugeniusza. Przełomowym okresem w jego życiu była śmierć ojca, długo nie potrafił się po niej pozbierać, z tego powodu jego matka przeniosła go do Gimnazjum OO. Jezuitów, aby skupił się na nauce.